对柑橘属植物种的概念，各学者从不同的专业知识出发，理解各有不同，分歧很大迩来争论不休，至今未得一致，仍坚持各自学派的观点，采用各自的分类系统和命名，由此而引致不少不必要的繁难与混乱。 [2]  原因是本属植物的生殖与繁殖方式较特殊，兼之，多数又是栽培种，它的野生祖先大都不复存在，由此而牵涉到其他学科领域，又是不同学者们争论的课题，使得解决柑橘属植物种的问题更为复杂。

　　在这个问题未得到完满解答之前。作者尽可能地保持在 Swingle 系统的种的概念。不过，考虑到我国柑橘园艺学者的见解，认为黎檬和香橙是两个独立的种。它们是 Swingle 学派所否弃，但为田中长三郎学派和印度学者所承认的两个种。按所称生物学概念的种的观点看来，这显然是便于实际应用之故。 [2] 

　　本志认许的种以外的所有田中长三郎及其学派的“种”，原产我国又在本志略加提及的，一概置于栽培品种或品系之列。又国产的栽培种，大多都有其俗称中名，按《国际栽培植物命名法规》的规定，分别给予国际用名，但采用汉语拉丁化拼音。有不少早有英语译名且已普遍为国际通用的品种名，例如椪柑 Ponkan, 沙田柚 Shatian-Yu，香柠檬 Meyer lemon，拟作正名保留下来。另有一些名称，例如文旦被译作成 Bantan，乳橘译作 Nu-chieh 等等，译得很不确切，只好作为废名，但也尽量列出，目的是方便与早有的文献对照。希望今后就不用它们了。至于不属我国原产的，例如尤力克柠檬 Eureka lemon、红玉血橙 Ruby 等，则除用其国际通用名外，并附汉语译音名。 [2] 

　　对柑橘属植物种的概念问题，分歧较大，主要有两个学派：①以田中长三郎为代表，认为本属有159个种（截至1969年的统计）；②以W.T.斯温格尔为代表，认为只有16个种和几个变种，印度和美国的一些学者则认为有30～40种。中国柑橘园艺学家曾勉更将本属植物细分为 5个属。